Σύμφωνα με τις ΠΟΛ.1116/3.5.2012 και ΠΟΛ.1101/24.4.2012, όταν η υποβολή των δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος γίνεται ηλεκτρονικά, τότε η φορολογική αναμόρφωση συνυποβάλλεται με το έντυπο Ε3. Όταν η υποβολή των δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος γίνεται σε έντυπη μορφή (χειρόγραφα) μέσω Δ.Ο.Υ., η φορολογική αναμόρφωση εξακολουθεί να υποβάλλεται υποχρεωτικά ηλεκτρονικά μέσω ανεξάρτητης εφαρμογής της ΓΓΠΣ μέχρι τις 22.6.2012. Σε περίπτωση που έχει υποβληθεί ηλεκτρονικά το έντυπο Ε3 και δεν συνυποβλήθηκε εκ παραδρομής η φορολογική αναμόρφωση, τότε αυτή μπορεί να υποβληθεί υποχρεωτικά ηλεκτρονικά μέσω της ανεξάρτητης εφαρμογής της ΓΓΠΣ μέχρι τις 22.6.2012.